La chiesa di Santa Maria fuori le mura, ha, tra le altre, la particolarità di avere, nel corso del tempo assunto diversi nomi: Beata Vergine delle Grazie, della Scuola, Silvagni, ma la gente oggi la chiama chiesa di Santa Lucia.
Nella documentazione del Cinquecento essa veniva denominata S.Maria nuova per distinguerla dalla più antica chiesa di S.Maria in Pietrafitta. Nel 1786, in seguito al lascito testamentario di Giulio Antonio Silvagni, la chiesa fu rifatta completamente. Della vecchia chiesa rimane solo l’immagine della Madonna con Bambino rappresentata in fondo all’abside. L’affresco, attribuibile ad un ignoto artista tra il XVI e il XVII secolo sembra derivato da un prototipo più antico. Cioè si tratta di una copia di un simile dipinto esistente nella vecchia chiesa.
Carlo G.Vanni, studioso di storia locale, attribuisce il progetto della chiesa all’architetto Luigi Moretti, ma non si conosce alcun architetto che operasse in quell’epoca con tale nome, che corrisponde invece a quello di un capomastro che realizza a Rimini opere importanti con lo scultore Antonio Trentanove. Possiamo pertanto supporre che Luigi Moretti a San Giovanni in Marignano sia stato solo il capomastro e che, considerata l’alta qualità degli stucchi della chiesa, abbia portato con sè il Trentanove; mentre rimane ignoto il nome dell’architetto.
La sacrestia sul retro, con piacevole loggetta, è stata aggiunta nel 1911 su progetto del geometra Tonti di Misano. La chiesa è stata completamente restaurata ad opera dell’architetto riccionese Augusto Bacchiani e riconsegnata alla città il giorno di S.Lucia (13 dicembre) del 1995
L’organo settecentesco
Costruito nel 1785 dai Fratelli Domenico e Francesco Ricci da Verucchio per il monastero di Santa Chiara di Rimini, fu venduto alla chiesa di Mondaino e successivamente rivenduto alla chiesa di Santa Lucia in San Giovanni in Marignano mentre era Imperatore Napoleone I° (come si legge in un'iscrizione latina figurante in un condotto dell'aria).
Lo strumento – che consta di circa 600 canne tutte di stagno e legno – vede l'aggiunta, forse ad opera degli stessi Ricci, dei tromboncini modellati alla maniera callidiana ed inoltre del tamburo ottenuto dal suono di due canne di legno battenti.
Restaurato nel 1897 da Luigi Giudici di Pesaro, l'organo si arricchisce del registro dei campanelli fusi in bronzo con mirabile bravura, secondo la moda del tempo. Viene poi lasciato in stato di totale abbandono dal secondo dopoguerra fino ai giorni nostri quando, nel 1996, per la premura dell'Amministrazione Comunale, viene affidato il restauro nelle abili mani del Signor Batthélémy Formentelli di Pordenone (Verona) che, nel volgere di pochi mesi, lo riporta al primitivo splendore e alle antiche sonorità. L'organaro Formentelli, nato in Francia a Corquetaine vicino a Chaume-en-Brie, ha appreso l'arte di costruttore e di restauratore presso i rinomati stabilimenti Gonzales e presso i maestri Hartmann e Bougarel. Fino ad oggi, fedele alle antiche tecniche costruttive, ha costruito molteplici strumenti e restaurato più di 150 organi fra cui quello di San Giovanni in Laterano (Roma) secondo la tecnica del restauro conservativo e della reversibilità, che consiste nell'uso di materiali (legno, colle animali, metalli, pelli, ferramenta) facilmente sostituibili in un altro eventuale intervento, senza danneggiare l'integrità e l'autenticità degli strumenti. Le varie fasi del restauro dell'organo di Santa Lucia sono state seguite dal Dott. Oscar Mischiati, sovrintendente regionale dell'Emilia-Romagna per gli strumenti musicali antichi.