Il nome San Giovanni in Marignano è un toponimo composto di 2 elementi: San Giovanni, che richiama l’intitolazione della chiesa di San Giovanni Battista in Castelvecchio, prima chiesa del borgo e databile alla prima metà del XII secolo, e Marignano, che è un antico fondo agrario, fundus rusticus Mariniani, di derivazione tardo-romana.

Le origini di San Giovanni sono strettamente interconnesse all'evoluzione della Valle del Conca, abitata fin dal Paleolitico, con l’insediamento di alcune fra le più importanti civiltà, come quella Umbra, Picena, dei Galli Senoni e successivamente dei Sabini, cui subentrano dal IV secolo a.C. i Romani, che fondano una serie di colonie, tra cui Ariminum, lungo il corso di quella che oggi è la via Flaminia, suddividendo il terreno in centurie, di cui restano le tracce ancora oggi. L'insediamento romano di San Giovanni in Marignano era, con ogni probabilità, caratterizzato da una produttiva villa dedita alla produzione agricola ed al commercio con il Mediterraneo, sita nella zona di Madonna del Monte, in territorio collinare.

L’insediamento attuale è dato dalla rifondazione dell’abitato in pianura ed in prossimità del fiume Ventena, avvenuta probabilmente intorno alla seconda metà del XIII secolo, grazie all’opera attuata dai Benedettini Cassinesi di dissodamento, bonifica e rinnovamento agricolo, con una forte incentivazione dei movimenti commerciali. Il nuovo insediamento è denominato Castelnuovo per distinguerlo da Castelvecchio, primitivo nucleo demico. L’originario impianto urbanistico di Castelnuovo è regolare: si articola sulla “via di mezzo”, asse longitudinale del nuovo insediamento. Crescendo di dimensioni nei secoli, l’abitato si estende al di là dei confini originari, con la costruzione di diverse abitazioni, ma anche di edifici pubblici.

San Giovanni in Marignano, dalla rifondazione al XVI secolo, vive direttamente o di riflesso la vita e le vicende storiche della città di Rimini. In particolare, nel Cinquecento, assistiamo alla contesa tra i Malatesta, la Repubblica di Venezia e lo Stato della Chiesa, che determina un periodo di crisi e impoverimento, che termina quando nel 1529 la Romagna, e quindi San Giovanni, passa sotto il dominio della Chiesa e vi resta fino al 1859, salvo la breve parentesi napoleonica dal 1797 al 1814.

Negli ultimi decenni del potere pontificio e nel primo decennio del nuovo Regno d’Italia, le idee mazziniane e poi garibaldine trovano anche a San Giovanni sostenitori convinti. È forte anche la partecipazione dei contadini ai moti agrari del 1913. Poi arrivano la prima guerra mondiale con i suoi caduti, il dopoguerra con la progressiva occupazione del potere da parte del fascismo e la seconda guerra mondiale che coinvolge direttamente San Giovanni, situato lungo la Linea Gotica.
Duro è il dopoguerra: San Giovanni è un paese ancora agricolo, la ricostruzione e la riparazione dei danni di guerra sono difficili, manca il lavoro. Come nel passato, riprende l’emigrazione, soprattutto verso Svizzera e Germania. La reale ripresa si ha solo negli anni Cinquanta quando comincia a svilupparsi il turismo balneare. Cessa l’emigrazione, il turismo stimola le attività artigianali. Nasce da questa nuova realtà e dallo spirito imprenditoriale la realizzazione, a partire dagli ultimi anni Sessanta, dell’area artigianale di San Giovanni, immediatamente a ridosso del casello autostradale della A14. Da paese che ha vissuto la sofferenza dell’emigrazione, San Giovanni diventa luogo di immigrazione grazie alla grande produzione artigianale soprattutto nei settori della moda e della cantieristica navale.