San Giovanni in Marignano, dalla rifondazione al XVI secolo, vive direttamente o di riflesso la vita e le vicende storiche della città di Rimini. In particolare, nel Cinquecento, assistiamo alla contesa tra i Malatesta, la Repubblica di Venezia e lo Stato della Chiesa, che determina un periodo di crisi e impoverimento, che termina quando nel 1529 la Romagna, e quindi San Giovanni, passa sotto il dominio della Chiesa e vi resta fino al 1859, salvo la breve parentesi napoleonica dal 1797 al 1814.
