Questo imponente impianto, stranamente realizzato per un borgo in pianura, aveva la funzione di difendere l'importante deposito di grano conservato nel sottosuolo del castello, ricco di fosse ipogee deputate alla conservazione cerealicola a lungo termine, che hanno dato a San Giovanni l’attributo di “Granaio dei Malatesta”. Nel XV secolo, sono attestate oltre 200 fosse da grano distribuite su tutto l’insediamento, e ancora nell’Ottocento, nella strada principale, sono presenti e censiti nell’Archivio storico comunale, 128 contenitori ipogei.