Le origini di San Giovanni sono strettamente interconnesse all'evoluzione della Valle del Conca, abitata fin dal Paleolitico, con l’insediamento di alcune fra le più importanti civiltà, come quella Umbra, Picena, dei Galli Senoni e successivamente dei Sabini, cui subentrano dal IV secolo a.C. i Romani, che fondano una serie di colonie, tra cui Ariminum, lungo il corso di quella che oggi è la via Flaminia, suddividendo il terreno in centurie, di cui restano le tracce ancora oggi. L'insediamento romano di San Giovanni in Marignano era, con ogni probabilità, caratterizzato da una produttiva villa dedita alla produzione agricola ed al commercio con il Mediterraneo, sita nella zona di Madonna del Monte, in territorio collinare.
